Peja përbën një nga qendrat më të vjetra dhe më të rëndësishme të banimit në rajon. Gjurmët e saj datojnë që nga kohërat më të hershme ilire, periudhë në të cilën lulëzoi si qyteti më i rëndësishëm i Dardanisë Antike. Zbulimet e shumta dhe objektet arkeologjike të gjetura në këtë lokalitet përforcojnë hipotezën e studiuesve se Peja ka shërbyer si një qendër e fuqishme administrative municipale për tërë Rrafshin e Dukagjinit.
Sipas të dhënave historike, nga koha antike e deri në mesjetën e shekullit XV, shtrirja gjeografike e qytetit dallonte nga ajo e sotmja. Peja shtrihej pikërisht në hapësirën fushore, duke filluar nga arat e njohura si „Gradinë”, ku ende gjenden gërmadhat e qytetit antik. Zona urbane e asaj kohe dokumentohet të ketë pasur kufij të qartë, ku në lindje fillonte nga tyrbja e „Sari Salltëkut”, ku më vonë u ngrit fabrika e baterive, dhe në perëndim shtrihej deri te stacioni i sotëm hekurudhor, apo më saktësisht deri te kalaja e vjetër.
Përgjatë shekujve, ky vendbanim ka ndryshuar disa herë emërtimin e tij, duke lënë gjurmë të pashlyeshme në dokumentet e kohës. Në kohën antike iliro-romake qyteti njihej si Siparantum, ndërsa gjatë mesjetës ndeshet me emrat Pekë, Peka, Pentza dhe Forno. Një rëndësi të veçantë ka dokumenti latin i vitit 1202, ku qyteti figuron në formën „Peki”, i cili vlerësohet aktualisht si dokumenti më i vjetër i ruajtur shkrimor që vërteton emrin e qytetit në atë periudhë. Këto dëshmi arkeologjike dhe arkivore vazhdojnë të ndriçojnë historinë e pasur të Pejës, duke e konfirmuar atë si një pikëtakim kyç të qytetërimeve në Ballkan.
